Le FISAN est structuré autour de trois facilités, à savoir :
Soutien au Financement Agricole, basé sur un appui public au financement des investissements de type « privé », à travers des partenariats avec des Institutions Financières (IF) et les Institutions de Microfinance (IMF) ; cette facilité vise à stimuler les investissements agricoles par l’allègement de couts de financement et créer des relations d’affaires durables entre les deux parties
Financement des investissements structurants agricoles de type « public », basé sur les mécanismes de financement mis en place par l’Agence de Financement des Collectivités Territoriales (ANFICT) ; communautaires à travers l’Agence de Financement des Collectivités Territoriales (ANFICT) comme fiducie ; cette Facilité vise à stimuler la réalisation d’infrastructures et autres actions dites « structurantes », qui facilitent les productions agro-sylvo-pastorales et halieutiques, ainsi que leur stockage, transformation et commercialisation
Financement du conseil agricole, de la recherche et du renforcement des capacités, dont la gestion est basée sur une coresponsabilité entre l’Etat (notamment APCA) et les structures faitières des OP. Des programmes relatifs à la fourniture de services aux producteurs et à leurs organisations professionnelles dans les domaines du conseil Agricole, de la recherche Agricole et du renforcement des capacités des acteurs des chaines de valeur associés dans toute leur diversité (producteur de base, producteur expérimenté, producteur-expert, groupement/coopérative, entreprise agricole ou agro-alimentaire